Ο Τρισάγιος Ύμνος είναι εκείνος που άκουσε ο προφήτης Ησαΐας να ψάλλουν ακατάπαυστα οι Άγγελοι γύρω από το θρόνο του Θεού· «Άγιος, άγιος, άγιος Κύριος Σαβαώθ, πλήρης πάσα η γη της δόξης αυτού». Ο Ύμνος γενικεύθηκε όταν συνεπεία μεγάλων σεισμών που έπληξαν την Βασιλεύουσα και κατόπιν διαταγής του Αυτοκράτορα Θεοδοσίου Β΄ (του μικρού), (408-450) ο λαός εξήλθε της Πόλης σε εκτενείς λιτανείες, με συνεχείς επαναλήψεις του ύμνου αυτού, που ικέτευε την προστασία και το έλεος του Θεού.
Τότε, η Ορθόδοξη παράδοση αναφέρει ότι ένα μικρό παιδάκι 6-7 ετών ανηρπάγη εις τον ουρανό, ανελήφθη και ο λαός στεκόταν από κάτω εκστατικός μη ξέροντας τί να κάμει. Σε λίγο το ίδιο αυτό παιδάκι προσγειώθηκε ψάλοντας τον Τρισάγιον Ύμνο, πού σε ερώτησή τους απάντησε ότι αυτό έψαλλαν οι Αγγέλοι εκεί επάνω πού βρέθηκε. Και λέγοντας αυτά, ξεψύχησε.
Τον ύμνο αυτό φέρεται να τον έχουν ψάλλει και στους χρόνους που συγκροτήθηκε η Δ΄ Οικουμενική Σύνοδος στη Χαλκηδόνα. Και όμως σε νεώτερη έρευνα βρέθηκε να είναι ακόμη αρχαιότερος. Ο μεν Νικηφόρος Κάλλιστος τον θεωρεί "Αποστολικόν", ο δε Αμφιλόχιος μαρτυρεί πως και ο Μέγας Βασίλειος έψελνε αυτόν τον ύμνο στη Νίκαια της Βιθυνίας.
Σήμερα ο χριστιανικός αυτός ύμνος επαναλαμβάνεται τρις πριν την πολύ σύντομη δοξολογία: "Δόξα Πατρί και Υιώ και Αγίω Πνεύματι", στην αρχή κάθε ακολουθίας, περί το τέλος της Μεγάλης Δοξολογίας καθώς επίσης και λίγο πριν την ανάγνωση του Αποστόλου
Σε ορισμενες εορτες και ημέρες ο Τρισαγιος υμνος της λειτουργίας αντικαθίσταται είτε απο τον ύμνο «Όσοι εις Χριστον εβαπτίσθητε» (Χριστούγεννα, Θεοφάνεια, Πάσχα, Πεντηκοστή) είτε από τον ύμνο «Τον σταυρόν σου προσκυνούμεν, δέσποτα» (Ύψωση τιμίου Σταυρού, Κυριακή Σταυροπροσκυνήσεως), όπως ορίζει το Τυπικό της Εκκλησίας.