Στην ομιλία ενθρόνισης του το 1998 είπε:
στην Ευρώπη σήμερα διαμορφώνεται το νέο πλαίσιο ζωής του ευρωπαϊκού κόσμου. Το νέο πλαίσιο ζωής του εντός και εκτός Ελλάδος Έλληνος. Μας συμφέρει λοιπόν να είμαστε στην Ευρώπη αλλά με ενσυνείδητη παρουσία ότι είμαστε Έλληνες κι αυτό είναι η μεγαλύτερη προσφορά μας στην ευρωπαϊκή ένωση. Σήμερα πιστεύω ότι είναι η ώρα της ορθοδοξίας και καθώς είναι βέβαιο ότι κυοφορείται ένας νέος πολιτισμός που θα κρίνει την πορεία της Ευρώπης, η ευθύνη ελληνικής πολιτείας και ελληνικής εκκλησίας για το ευρωπαϊκό γίγνεσθαι είναι πελώρια.
Τι έκανε τον Χριστόδουλο να μιλήσει για νέο πολιτισμό; Να αναφερθεί στην ευρωπαϊκή πορεία στο ευρωπαϊκό σπίτι;Ως εκκλησία λοιπόν στηρίζουμε τις προσπάθειες του λαού μας της κυβέρνησης του και της ηγεσίας του, για την πλήρη ένταξη της χώρας μας στην Ευρωπαϊκή Ένωση. Όμως αυτό δεν σημαίνει απάρνηση της ταυτότητας μας. Η ένωση μας με την Ευρώπη δεν καταργεί την πολυμορφία. Αντιθέτως, η εμμονή και προστασία της πνευματικής ταυτότητας κάθε ευρωπαϊκού λαού αποτελεί το κύριο γνώρισμα του ευρωπαϊκού κόσμου. Γι' αυτό ναι, μένουμε στην Ευρώπη. Όχι όμως σαν φτωχοί συγγενείς ή μακρινοί ανατολίτες ξένοι προς το ευρωπαϊκό πνεύμα, αλλά ως οικείοι μέσα στο μεγάλο ευρωπαϊκό μας σπίτι.
Να πει μένουμε Ευρώπη; Κι όλα αυτά το 1998.