Η συγκεκριμένη ταινία είχε προκαλέσει το ενδιαφέρον της κοινής γνώμης και του τύπου για μεγάλο χρονικό διάστημα και για άλλο λόγο, πέρα του κινηματογραφικού ενδιαφέροντος, καθώς συνοδεύτηκε από ένα απροσδόκητο γεγονός. Όλα ξεκίνησαν όταν με κάποιο αδιευκρίνιστο τρόπο το σενάριο της ταινίας έφτασε στα χέρια του θρήσκου και εθνικιστή μητροπολίτη της πόλης, Αυγουστίνου Καντιώτη. Ο Καντιώτης, που είχε μανία με τους «Σκοπιανούς», θεώρησε ότι μπορεί να πρόκειται για πράκτορες και μόλις διάβασε το σενάριο το απέρριψε αμέσως, θεωρώντας ότι προσβάλλει το [font]έθνος και το Χριστιανισμό[/font]. Έτσι, απείλησε τον Αγγελόπουλο ότι θα τον αφορίσει και τον διέταξε να σταματήσει τα γυρίσματα. Το γεγονός αυτό εξόργισε τον Αγγελόπουλο, που φυσικά δεν υποχώρησε και προκάλεσε επίσης και το μένος των συνεργατών του. Το θέμα πήρε διεθνείς διαστάσεις. Ο Αγγελόπουλος στηρίχτηκε από τους πολιτικούς της αριστεράς και είχε την αρωγή του σκηνοθέτη και φίλου του, Ακίρα Κουροσάβα. Όταν ο Αγγελόπουλος επέστρεψε, η μεγάλη μερίδα των Χριστιανών της Φλώρινας είχε κατακλύσει την πόλη με μαύρες σημαίες και πλακάτ, ενώ υπήρχαν και καρικατούρες που παρίσταναν το σκηνοθέτη σαν ένα προδότη που κρατούσε ένα σακούλι με 600 εκατομμύρια δραχμές και εμφανίζονταν συνθήματα, όπως «αναρχία, ανθελληνισμός, αθεΐα, ακολασία», με τις καμπάνες να χτυπούν πένθιμα, βάζοντας παρόμοια εμβατήρια. Με την παρότρυνση του μητροπολίτη προσπάθησαν με κάθε τρόπο να εμποδίσουν την ολοκλήρωση και κυκλοφορία της ταινίας. Στις 16 Δεκεμβρίου 1990 ήταν η μέρα τελετής αφορισμού του Αγγελόπουλου και του πρωταγωνιστή Μαρτσέλο Μαστρογιάννι. Την ίδια μέρα είχε οργανωθεί μία συγκέντρωση ελευθερίας και δημοκρατίας, στην οποία παρευρέθηκε ο Αγγελόπουλος και οι συνεργάτες του, στον κινηματογράφο ''Ελληνίς''. Οι Χριστιανοί πιστοί και ο Καντιώτης έψελναν μαζί το ''Αφορισμένοι, αφορισμένοι''. Ο Καντιώτης τους έδωσε περιθώριο 2 χρόνων για να μετανοήσουν και να συγχωρεθούν, κάτι που δεν έκανε κανένας συντελεστής της ταινίας. Τελικά, η ταινία ολοκληρώθηκε και έφτασε μέχρι τις Κάννες.
